O Pantanal é a maior área úmida sazonal do mundo, com uma paisagem que consiste em um mosaico de habitats aquáticos permanentes e savanas, pastagens e florestas inundáveis e não inundáveis. Espera-se que eventos de seca ocorram com maior frequência no bioma Pantanal sob condições climáticas futuras, mas os efeitos do manejo da terra e dos extremos hidrológicos nas pastagens têm sido pouco estudados em escalas espaciais relevantes para a pecuária local. Neste estudo, medimos o CO2C usando covariância de vórtices ao longo de um ano hidrológico em pastagens dentro de uma fazenda de gado no Pantanal brasileiro que sofreu inundações sazonais. Nossas medições mostram que as pastagens sazonalmente inundadas foram grandes emissoras de CO2C, contribuindo com 337 g de CO2C m−2 ano−1 para a atmosfera. Durante a inundação, quando os solos eram anaeróbios e o solo O2 foi próximo de zero, a pastagem inundada foi um sumidouro líquido de -18 g CO2C m−2, enquanto durante a fase aeróbia (o2 > 15%) a pastagem foi um fator de CO2 para a atmosfera (301 g de CO2C m−2). As transições de e para condições anaeróbias corresponderam a 54 g de CO2C m−2. Nossos resultados indicam que as pastagens de bovinos sazonalmente inundadas no Pantanal brasileiro podem ser uma importante fonte regional de CO2C para a atmosfera. Um melhor manejo e o uso de gramíneas resistentes à seca podem ser uma forma de melhorar os estoques de C do solo e limitar as emissões, especialmente porque as mudanças climáticas globais devem aumentar o aquecimento e a secagem do bioma Pantanal.